Según el “Estudio para el Desarrollo Sostenible de L’Albufera de Valencia” los factores que paulatinamente han socavado la calidad ecológica del lago son:
1.- Aportes hídricos al sistema
L’ Albufera ha sufrido durante años el continuo desarrollo urbano e industrial de los pueblos que la circundan, cuyo impacto ha sido muy negativo para la pervivencia del ecosistema asociado al lago y al marjal. Todavía hoy, y a pesar de las mejoras en los sistemas de saneamiento y depuración, continúan produciéndose vertidos directos sin depurar de origen urbano o industrial y efluentes procedentes de deficiencias estructurales en las redes unitarias, principalmente en el Colector Oeste, y en todos los municipios comprendidos entre Valencia y Silla, incluidos sus polígonos industriales.
2.- Calidad biológica de las aguas del lago
La calidad biológica del lago se encuentra fuertemente dañada. Los efectos contaminantes de los residuos urbanos e industriales, del uso de pesticidas y de los aterramientos afectan irreversiblemente a la flora acuática, y por ello, a la fauna asociada.
Actualmente, el lago es un sistema hipertrófico como consecuencia de entradas excesivas de materia orgánica alóctona y nutrientes inorgánicos. Este exceso genera un gran número de inconvenientes, que repercuten en el lago y son causa directa de su deterioro.
3.- Relación entre sedimentos, metales pesado y el ciclo de nutrientes
Los ciclos de oxígeno y de nutrientes de l’ Albufera están desequilibrados. El agua presenta un pH muy elevado, lo que hace que sus sedimentos retengan los metales pesados y nutrientes (fósforo) que recibe, convirtiéndolos en un almacén de materia en el sistema.
4.- Aterramiento del lago
Las albuferas son sistemas que evolucionan de forma natural hacia su colmatación. En l’ Albufera de Valencia este proceso se ha acelerado como consecuencia de distintos factores que resultan de la presión humana. Esto viene agravado al haber desaparecido prácticamente la función de la marjal perimetral como trampa de sedimentos, debido a la existencia de una extensa red de canales, acequias, azarbes e instalaciones de bombeo que reducen los tiempos de permanencia del agua por debajo de los necesarios para que se produzca una sedimentación efectiva.
5.- Problemas de asignación de usos
Otros problemas con los que se enfrenta l’Albufera son los resultantes de la presión urbanística en las áreas turísticas, así como su influencia en la calidad del paisaje. Por otra parte, los usos actuales a los que se ha destinado L’Albufera reducen la variedad de los ambientes y ecosistemas presentes en el entorno.
6.- Riesgos catastróficos
L’ Albufera está sometida a determinados riesgos catastróficos, asociados a situaciones extremas. Entre los que destaca el derivado del almacenamiento de sustancias tóxicas o peligrosas en los polígonos industriales de las cuencas vertientes, que podrían sufrir una movilización masiva si se produjera una inundación de carácter excepcional, lo que inevitablemente acabaría afectando a las llanuras de inundación fluvial, con graves consecuencias para su pervivencia.


